MEHMED III
Feridun Emecen 01 Ocak 1970
7 Zilkade 973’te (26 Mayıs 1566) Manisa’da Sart ovasında doğdu. Babası III. Murad, annesi Arnavut asıllı, Dukakin’de Rezi köyünden olan Safiye Sultan’dır (Safiye’nin Venedik asıllı Cecilia Baffo olduğuna dair bilgi [EI2, VIII, 817] yanlıştır; Baffo, III. Murad’ın annesi Nurbânû Sultan’dır). Rivayete göre adını, doğum haberini çıktığı Sigetvar seferi sırasında alan büyük dedesi Kanûnî Sultan Süleyman koymuştur. İlk çocukluk yıllarını babasının Saruhan sancak beyliğiyle bulunduğu Manisa’da geçirdi. Dedesi II. Selim’in padişahlığı döneminde babasının veliaht olması, daha çocukluk yıllarında üzerindeki gözetimin sıkılaştırılmasına yol açtı. Babasının 982’de (1574) padişah olup Manisa’dan ayrılışından yaklaşık bir yıl kadar sonra Harem halkıyla beraber İstanbul’a getirildiğinde (BA, MD Zeyli, nr. 2, s. 45, 46, 54) dokuz yaşlarında bulunuyordu. Manisa’da iken ilk hocası İbrâhim Efendi idi; ardından Hüseyin Efendi ve Mehmed Azmi Efendi hocalığını yaptı. Sarayda annesinin de rolüyle büyük ihtimam gördü. Ancak sancağa çıkarılmasına kadar sarayda siyasî güce erişebileceği unsurlardan, bu arada kadınlardan ve haremden uzak tutuldu; babasına alternatif olabilecek duruma gelmesi önlendi. Biraz da bu sebeple on altı gibi geç sayılabilecek bir yaşta, 6 Cemâziyelevvel 990’da (29 Mayıs 1582) başlayan ve elli altı - elli yedi gün süren muhteşem törenler ve eğlencelerle sünnet edildi. Sünneti dördüncü vezir Cerrah Mehmed Paşa yaptı. Bu merasimden bir yıl kadar sonra artık bir veliaht sancağı haline gelmiş olan Saruhan sancak beyliğiyle Manisa’ya gönderildi. Hocası Azmi Efendi’nin vefatı üzerine muallimliğine getirilen Sultan Selim Müderrisi Nevâlî Nasuh Efendi, lalası Ali Bey, nişancısı Tekeli Mehmed Çavuş, baş rûznâmçecisi Hüsambeyzâde ve daha birçok görevli, ayrıca 1500’ü aşkın hizmetli grubu ile 2 Zilhicce 991’de (17 Aralık 1583) Üsküdar’a geçti, iki gün sonra da Manisa’ya hareket etti. İç oğlanları, eşyası ve diğer ağırlıkları deniz yoluyla İzmir’e, oradan Manisa’ya yollandı. Kış sebebiyle zorlu bir yolculuğun ardından 1 Muharrem 992’de (14 Ocak 1584) Manisa’ya ulaştı ve on iki yıl sürecek idarecilik hayatına başladı. Sancaktaki ilk icraatı bölgenin asayişini sağlamak oldu. Bu dönemde 997-1003 (1589-1595) yılları arasında divanında alınan kararları ihtiva eden Ahkâm Defteri’nden (BA, A.DVN, nr. 794) anlaşıldığına göre yönetim alanı Saruhan sancağı ile sınırlı olmayıp Batı Anadolu bölgesinin önemli bir kesimini içine alıyordu. Ancak şehzade olarak idaredeki ağırlığı ikinci planda kalmış, önceden belirlenmiş taht vârisi olması dolayısıyla sıkı denetim altına alınmış ve bütün resmî yazışmalar lalası tarafından yürütülmüştür. Hatta yaz aylarını geçirdiği Manisa yakınlarındaki Bozdağ yaylağına gidiş için bile merkezden izin almak zorunda kalmıştı. Yine de taşradaki bu görevi sırasında, babasının saraya kapanıp idarede iyice etkisiz hale gelişine tepkili olan kesimler için ümit kaynağı olabilecek derecede halkla temas ederek onların dertlerini dinleme alışkanlığı kazandığı, padişah olunca sıkça çıktığı cuma selâmlıklarında ve gezilerde bu tavrını nüfuzlu saray halkı ve annesinin engelleme teşebbüslerine rağmen fırsat buldukça sürdürdüğü anlaşılmaktadır. Kazandığı idarî tecrübenin padişahlığındaki icraatlarına yansımaması ise tamamen annesinin etkisi altında kalmasından ve onun oluşturduğu sıkı kontrolü kırabilecek mizaca sahip bulunmamasından kaynaklanmış olmalıdır. Özellikle padişah olduğu sırada yanında bulunan lalası Tekeli Mehmed Çavuş (Mehmed Paşa) vasıtasıyla kontrolü ele alma çabaları yine yumuşak mizacı yüzünden başarısızlıkla sonuçlanmıştır.
Babasının 4-5 Cemâziyelevvel 1003 (15-16 Ocak 1595) gecesi ansızın vefatı haberini, annesi ve Dârüssaâde Ağası Gazanfer Ağa’nın gönderdiği Ferhad Ağa’dan alan Şehzade Mehmed, yanında yakın adamları (Lala Mehmed Bey, Mîrâhur Ahmed Ağa) olduğu halde ağır kış şartları içinde Mudanya İskelesi’ne geldi ve oradan bir kadırga ile 16 Cemâziyelevvel (27 Ocak) Cuma günü İstanbul’a ulaştı. Onun gelişine kadar III. Murad’ın ölümü ustalıkla gizlenmişti. Ancak Venedik elçisinin raporuna göre bu on bir günlük sürede birtakım bilgiler dışarıya sızmış, yer yer karışıklıklar olmuş ve zor kullanılarak kontrol sağlanmaya çalışılmıştı. Yeni padişah saraya gelir gelmez uzun süredir görmediği annesiyle buluştu, hemen cülûs merasimi ve biat töreni yapıldı. O gün cuma hutbesinde babasının öldüğü ve yerine kendisinin geçtiği ilân edildi, adına hutbe okundu. O gece sarayda elim olaylar cereyan etti. Kardeş katliyle ilgili uygulama icra edildi; dördü yetişkin (Mustafa, Bayezid, Osman ve Abdullah), diğerleri çok küçük yaşta on dokuz şehzade boğularak öldürüldü. Bir yabancı gözlemcinin aktardığı rivayete göre yetişkin şehzadeler ağabeylerinin huzuruna çıkarak onun padişahlığını tebrik etmişler, içlerinden en büyükleri kendilerine dokunulmaması ricasında bulununca III. Mehmed herhangi bir cevap verememiş, büyük bir üzüntüyle başını çevirmiş, ancak atalarının kanununa karşı koyabilecek cesareti gösterememişti. Ertesi gün on dokuz şehzadenin cenazesinin saraydan çıkışı her kesimde büyük tepkiye yol açtı, muhtemelen daha önce bu ölçüde görülmemiş uygulamanın sona erdirilmesi kapılarını da araladı. Ayrıca katledilen şehzadelerin anneleri, III. Murad’ın yirmi yedi kızı ile 200’den fazla dadı ve câriye Eski Saray’a nakledildi. III. Murad devrinde sarayı dolduran ve devlet işlerine karışan cüceler, dilsizler ve diğer eğlence erbabı saraydan sürüldü. Bu arada hızlı bir şekilde eski kadrolar görevden alındı. III. Mehmed, Manisa’dan yanında getirdiği yakın adamlarına çeşitli görevler verdi. Özellikle Lala Mehmed’i vezirliğe getirip yakınında tuttu. Tahta çıktıktan üç gün sonra askere cülûs bahşişi ve terakki dağıtıldı. O sırada yeniçeri kâtibi olan tarihçi Âlî Mustafa sadece yeniçerilere dağıtılan miktarı 660.000 altın olarak gösterir (Künhü’l-ahbâr, III, 650). Cephede bulunan Vezîriâzam Koca Sinan Paşa’yı azleden padişah yerine amansız rakibi Ferhad Paşa’yı getirdi (6 Cemâziyelâhir 1003 / 16 Şubat 1595). Ayrıca zulmüyle meşhur olup Yedikule Zindanı’na kapatılan Diyarbekir beylerbeyiliğinden mâzul Deli İbrâhim Paşa’yı idam ettirdi. Babasının zamanında mal alımları sebebiyle halka olan borçların hemen ödenmesi emrini verdi. Hazine israfının önlenmesi için tedbir alınmasını istediği gibi padişahlara mahsus hazine olan iç hazineye Mısır’dan gelen yıllık vergi dışında herhangi bir kaynaktan tahsisat ayrılmamasını tembihledi ve gelirlerin esas olarak dış hazinede toplanmasını emretti. Yine babasının ihmal ettiği cuma selâmlıklarını ihya edip cuma namazını kılmak üzere alayla saraydan çıktığında vezirlerin kendisine yaklaşarak devletin ve halkın meselelerini konuşma âdetini yeniden getirdi, böylece halk nazarında adaletle hükmedeceği beklentisinin oluşmasını sağladı. İlk günlerde Eyüp’ten başlamak üzere Edirnekapı’dan itibaren atalarının türbelerini sırasıyla ziyaret etmesi de bu imajın önemli bir göstergesi olmuştur. Sık sık cepheden gelen haberleri görüştüğü meşveret meclisleri topladı, fikir alışverişinde bulundu. Özellikle Lala Mehmed Paşa’nın bu ilk icraatlarda önemli bir payı olduğu açıktır. Nitekim dönemin tarihçisi Selânikî, hem onunla hem de babasından sonra kendi hocalığını da üstlenmiş olan Hoca Sâdeddin Efendi ile sıkça bir araya geldiğini, memleket meselelerini konuştuğunu kaydeder. Muhtemelen bu sıralarda annesi ve saray ağaları henüz tam anlamıyla onun üzerinde nüfuz tesis edememişlerdi. Ancak Safiye Sultan kısa sürede oğlunun mülâyim halini ve kolayca etki altında kaldığını farkederek onu yavaş yavaş kontrolü altına aldı. Bunun özellikle Ferhad Paşa’ya karşı baş gösteren, önceki vezîriâzam Sinan Paşa’nın da parmağı olduğu anlaşılan isyanın bastırılması olayından itibaren başladığı söylenebilir. Padişah, annesine ve onun ekibine zaman zaman karşı çıktıysa da kolay şekilde ikna edildi ve kararsız bir tutum sergiledi.
III. Mehmed’in, maaşını alamayan bir grup askerin sebep olduğu küçük çaplı krizin (12 Şâban 1003 / 22 Nisan 1595) ardından karşı karşıya kaldığı ilk ciddi problem düşmanlıkları eskiye giden iki vezirinin, Sinan ve Ferhad paşaların birbiriyle yeni bir çekişme içine girmesi dolayısıyla ortaya çıktı. Bunların taraftarlarının yol açtığı karışıklıklar padişahın tek başına duruma hâkim olmasını engelleyecek boyuttaydı. Annesinin de taraf olduğu bu çekişme İstanbul’daki yeniçeri ayaklanmalarının başlıca sebebini teşkil ediyordu. Sinan Paşa, Eflak cephesinde başarısız olduğu gerekçesiyle Ferhad Paşa’yı azlettirmeyi başardı (29 Şevval / 7 Temmuz). Bunda Safiye Sultan’ın damadı İbrâhim Paşa’nın da rolü olmuştu. Cepheden gelen kötü haberler padişaha Yalova kaplıcalarına gitmek üzere Üsküdar’a geçtiği sırada ulaştırılmış, bunun üzerine gezisini iptal eden III. Mehmed, yardım için cepheye gönderilecek askerlerle birlikte Edirne’ye kadar gitmeyi ve buradan gelişmeleri izlemeyi kararlaştırmıştı. Fakat muhtemelen annesinin ve Şeyhülislâm Bostanzâde Mehmed Efendi’nin devreye girişiyle bu karardan vazgeçti. Selânikî bu olaylar sırasında padişahın oldukça sıkıntılı günler geçirdiğini, cepheden birbiri ardından gelen kötü haberler ve özellikle çok önem verilen Estergon Kalesi’nin düşüşü üzerine (27 Zilhicce 1003 / 2 Eylül 1595) bizzat sefere çıkması için kendisine baskı yapıldığını bildirir. Hatta bir cuma günü Süleymaniye Camii’nde hutbe okunurken ulemâdan birçok kimse ayağa kalkıp padişahın ve devlet erkânının niçin gazâya gitmediğini sorup umumi seferberlik istemişti. Öte yandan yeniçeriler de sefere ancak padişahla gideceklerini, artık vezîriâzam veya serdarların idaresindeki orduya katılmayacaklarını dile getirmişlerdi. Yine padişah Eski Saray’da iken hutbe okumak için çağrılan Ayasofya vâizi Muhyiddin Efendi kalelerin düşman eline geçmesi dolayısıyla “memleket-i İslâm’ın paymal olduğunu” söylemiş, bunun üzerine padişah göz yaşı dökerek bizzat sefere gideceğini bildirmişti (Selânikî, II, 532). Sinan Paşa’nın cephedeki başarısızlıkları yüzünden onu görevden alan III. Mehmed yerine yakın adamı Lala Mehmed Paşa’yı tayin etti (16 Rebîülevvel 1004 / 19 Kasım 1595). Böylece ulemâ, asker ve halktan gelen tepkilerin de rolüyle duruma tam anlamıyla hâkim olduğunu göstermek istedi. Nitekim Âlî Mustafa, Lala Mehmed Paşa’nın alışılmadık bir şekilde vezîriâzamlığa getirilmesinin altında yatan sebebi padişahın idareyi bütünüyle ele almak ve annesi Safiye Sultan ile damadı olan vezirleri, harem ağalarını saraydan sürmek arzusuna bağlar (Künhü’l-ahbâr, III, 695). Fakat hasta olan Lala Mehmed Paşa’nın dokuz gün sonra ölümü III. Mehmed’i çok sarstı, günlerce yas tuttu, onun yerine yeniden Sinan Paşa’yı getirmek zorunda kaldı. Bu arada Topkapı Sarayı’nda yaptırdığı sekiz oda ile hamamın inşası bitince uzun süredir oturmakta olduğu Eski Saray’dan buraya taşındı.
Üzüntüsünü üzerinden attıktan sonra III. Mehmed’in bizzat sefere çıkarak kazanacağı başarıyla iktidarı kendi eline alabileceği zehabına kapıldığı anlaşılmaktadır. Ancak kendi başarısızlıklarını örtmek için padişahı bizzat sefere çıkması için sürekli teşvik eden Sinan Paşa’nın ölümüyle Safiye Sultan ekibinin önde gelen siması olan Damad İbrâhim Paşa’yı vezîriâzamlığa getirmeye mecbur oldu (5 Şâban 1004 / 4 Nisan 1596). Böylece babası III. Murad’ın damatlarının nüfuzu zirveye çıkmış oluyordu. Padişahın, Haçova Meydan Savaşı’ndaki zaferin ardından İbrâhim Paşa’yı birdenbire azlederek yerine Cigalazâde Sinan Paşa’yı getirme manevrası ise Safiye Sultan ekibince kısa sürede engellendi. Bu yolda kendisini destekleyen hocası Sâdeddin Efendi’yi daha sonra Safiye Sultan’ın muhalifi olmasına rağmen şeyhülislâmlığa getirmesi ve ardından nüfuzlu Harem ağalarını âsilere teslim etmesi bu ekibe karşı onun ancak cılız bir cevabı oldu.
Safiye Sultan, seferde kazanacağı başarı sebebiyle kendi kontrolünden iyice çıkacağını zannettiği oğlunun bizzat cepheye gitmesini istemiyordu. Baron Wratislav’ın duyduklarına göre Safiye Sultan, sefer işinin padişahı ve ülkeyi koruma görevinin vezirlere ait olduğunu söyleyerek buna karşı çıkıyordu. Ancak Sinan Paşa yeniçerileri ve askeri alttan alta teşvik ederek padişahın sefere çıkmasını sağlamaya çalışıyordu (Baron W. Wratislaw’ın Anıları, s. 148-149). Onun ölümü ve İbrâhim Paşa’nın vezîriâzam oluşu padişahı annesine rağmen kararından döndürmedi. En güvenilir damadının oğlunun yanında bulunmasından dolayı vâlide sultanın da gönlü rahatlamıştı. III. Mehmed ise çıkacağı sefer öncesi hocası ile sık sık görüşüyor, sınır boylarındaki gelişmeler hakkında bilgi alıyor, büyük dedesi Kanûnî Sultan Süleyman’ın Sigetvar seferiyle ilgili takip ettiği strateji hakkında mâlûmat sahibi olmak istiyordu (Selânikî, II, 559, 568).
III. Mehmed seferin hedefini Beç (Viyana) olarak ilân etti. 23 Şevval 1004’te (20 Haziran 1596) İstanbul’dan büyük merasimle yola çıktı, annesi Halkalı’ya kadar onu uğurladı. Kanûnî Sultan Süleyman’dan sonra ilk defa bir Osmanlı padişahının ordunun başında sefere çıkması halkta büyük bir memnuniyet uyandırmıştı. Harekâtın başlangıcında ne yöne gidileceği kararlaştırılmamıştı. Padişah bizzat ordunun başında olduğu için onun şanına yakışır, eski fetihleri hatırlatacak bir harekâtın yapılması düşünülüyordu. Sonunda Eflak, Komorn ve Eğri tercihlerinden sonuncusu öne çıkarıldı, burası Osmanlılar’ın daha önce fethe muvaffak olamadığı büyük bir kale durumundaydı. Padişah Eğri Kalesi’nin alınmasına şahit oldu (19 Safer 1005 / 12 Ekim 1596). Ardından yapılan meşverete katıldı, takip edilecek strateji belirlenmeye çalışıldı. Önce bu fetih yeterli görülüp çekilme düşünüldüyse de kalabalık bir Habsburg ordusunun yakın bir yerde oluşu böyle bir çekilme sırasında büyük bir tehdit ve tehlike arzettiğinden vazgeçilip bu ordunun üzerine yürünmesi kararlaştırıldı. Gelen ilk bilgiler Habsburg imparatorluk ordusunun sayısını ve gücünü belirlemekten uzaktı. Ancak ordunun çok kalabalık ve mükemmel ateşli silâhlarla donanmış olduğu anlaşılınca tereddüt edildi. İbrâhim Paşa taraftarı olarak hadiseyi anlatan Hasanbeyzâde Ahmed (Târih, II, 191) ve ondan naklen Solakzâde, Kâtib Çelebi ve Naîmâ gibi tarihçiler, III. Mehmed’in vezîriâzama Eğri’nin fethini yeterli bulup İstanbul’a dönmek istediğini, bundan sonra ordunun kumandasını ona verdiğini bildiren bir kâğıt yolladığını yazar. Bu durum büyük telâşa yol açmış, İbrâhim Paşa, Hoca Sâdeddin Efendi ve Gazanfer Ağa padişahı ikna ederek kalmasını sağlamışlardı (2-3 Rebîülevvel / 24-25 Ekim). Seferde bulunan diğer tarihçiler ise böyle bir olaydan bahsetmez. III. Mehmed, Haçova’ya geldiğinde otağı çarpışmaları yakından izleyebileceği bir yere kuruldu. Savaş sırasında bir imparatorluk kuvveti padişahın çadırının bulunduğu yere kadar geldi. Bu durum büyük heyecana yol açtı, bazı vezirler ve İbrâhim Paşa padişahın kıyafet değiştirip kaçırılması teklifinde bulundular (Selânikî, II, 642; Âlî, [s.nşr. Nihal Atsız], s. 107). Hoca Sâdeddin Efendi etkili sözlerle onun yerinde kalmasını sağladı. Üzerinde peygamber hırkası, dizinde peygamber kılıcı olduğu halde sancak altında duran padişahın büyük bir korkuya kapılmasına rağmen yerinden ayrılmaması, onun belirtilenlerin aksine savaşın gidişinin değişeceği inancındaki kararlılığının göstergesidir. III. Mehmed, bir bakıma saltanat hayatının ilk ve son kararlılık gösterisini bu çok kritik saatlerde yapmış, onun yerinden ayrılmadığını gören ordu yeniden toparlanarak savaşın gidişini değiştirmiştir (bk. HAÇOVA MEYDAN SAVAŞI).
Seferde iken üç aylık şehzadesinin ölüm haberini alan III. Mehmed (Selânikî, II, 625) zaferin ardından hemen İbrâhim Paşa’yı azledip Hoca Sâdeddin Efendi’nin de telkiniyle savaşta yararlık gösteren Cigalazâde Sinan Paşa’yı vezîriâzam yaptı. Fakat bu hususta tam bir kararlılık gösteremedi, annesinin devreye girişi ve gönderdiği mektubun, bunun yanı sıra Sinan Paşa’nın seferden kaçanları tesbit ettirerek cezalandırmasına yönelik tepkilerin de rolüyle yeniden İbrâhim Paşa’yı göreve getirdi (14 Rebîülâhir 1005 / 5 Aralık 1596). Hatta Hoca Sâdeddin Efendi’yi yanından uzaklaştırmak zorunda kaldı, ancak sürgün edilmesini önledi. Artık neredeyse tamamıyla annesinin kontrolü altına girmişti. Zamanla İbrâhim Paşa aleyhinde oluşan hava -cephede Serdar Satırcı Mehmed Paşa’dan gelen şikâyetler, bilhassa Tatar kuvvetlerini savaşa sokmaması ve barış ümidiyle hareket etmesinin Habsburg ordusuna toparlanma fırsatı vermesi gibi- ve özellikle bunu fırsat bilen Hoca Sâdeddin Efendi’nin çabaları sonucunda onu azletti (23 Rebîülevvel 1006 / 3 Kasım 1597). Bu sırada Safiye Sultan da damadına kırgındı; yine devreye girerek Harem’den çıkma, kendisine bol miktarda hediyeler veren Hadım Hasan Paşa’yı vezîriâzamlığa getirtti. İngiliz elçisi Lello’ya göre Safiye Sultan, Hadım Hasan Paşa’ya içte ve dıştaki üzücü gelişmeleri oğlundan saklamasını sıkı sıkıya tembih etmişti (The Report of Lello, s. 42).
Bu sırada cepheden birbiri ardınca kötü haberler İstanbul’a ulaşıyordu. Yanıkkale’nin düşüşü haberi (21 Şâban 1006 / 29 Mart 1598) padişahı üzdü. Bu arada on dört yaşındaki oğlu Selim vefat etti (Selânikî, II, 682). Şeyhülislâm Bostanzâde Mehmed Efendi’nin ölümü üzerine de yerine vezîrâzamın ve muhtemelen annesinin muhalefetine rağmen hocası Sâdeddin Efendi’yi getirdi. Yeni şeyhülislâm vezirâzama karşı vâlide sultan ve İbrâhim Paşa ekibiyle arasını düzeltti, hatta sadrazamın aldığı rüşvetleri vâlide adına topladığı dedikoduları sebebiyle vaktiyle kendisine muhalefet eden Hadım Hasan Paşa’nın azli konusunda harekete geçti. Hadım Hasan Paşa, Safiye Sultan’ın yaptırdığı Yenicami’nin temel atma törenleri sırasında görevden alındı (3 Ramazan 1006 / 9 Nisan 1598). Lello’ya göre cepheden gelen kötü haberleri Hoca Sâdedin Efendi’den alan padişah bunu yaparken annesine haber vermemişti (The Report of Lello, s. 43). Selânikî ise olayın Hoca Sâdeddin Efendi, İbrâhim Paşa ve Gazanfer Ağa ittifakıyla gerçekleştirildiğini belirtir (Târih, II, 736). Ayrıca Yanıkkale’nin düşüşü ve gelişen olayların yayılması üzerine yeniçerilerin sitemine mâruz kaldığını, hadiseyi serhadden gelen bir yeniçeriden dinleyen padişahın dehşete kapıldığını da yazar (a.g.e., II, 737). Bu sırada İstanbul’da büyük bir veba salgını vardı, padişahın hanımlarından biri, kız kardeşlerinden dokuzu hastalıktan öldü; bir ara azalan salgın yeniden yayılınca padişah Üsküdar’a geçerek Kandilli bahçesinde bir süre oturup hastalığın geçmesini bekledi (4 Rebîülevvel 1007 / 5 Ekim 1598). Ayrıca kendisinin II. Selim’in oğlu olduğunu öne süren ve gerçekten ona çok benzeyen biri yakalanıp İstanbul’a getirilince katlinden önce bu şahısla yüzleşti ve hikâyesini onun ağzından dinledi. Bu arada Macar cephesinde serdar tayin edilen Satırcı Mehmed Paşa Varad seferinde başarısızlığa uğramış, Budin Habsburg güçlerince kuşatma altına alınmış, bazı önemli kaleler onların eline geçmişti. Padişah, Cerrah Mehmed Paşa’nın ölümü üzerine yeniden sadrazamlığa getirdiği Damad İbrâhim Paşa’yı hemen Uyvar seferine yolladı (19 Şevval 1007 / 15 Mayıs 1599). Bundan az sonra da Şeyhülislâm Hoca Sâdeddin Efendi vefat etti (12 Rebîülevvel 1008 / 2 Ekim 1599).
İbrâhim Paşa sınır boylarında başlangıçta başarılı harekâtlar yaparak durumu biraz toparladı. Ancak bu sırada Anadolu’da büyük Celâlî hareketlenmeleri baş gösterdi, doğu sınırlarında da asayiş giderek bozuldu. Özellikle Karayazıcı Abdülhalim’in isyanı padişahı çok uğraştırdı. İsyanlar sebebiyle Anadolu’dan gelen felâket haberleri İstanbul’da büyük bir infiale yol açıyordu. Padişahın rahatsızlığının bir başka sebebi de Karayazıcı’nın Anadolu’da padişahlık davası peşinde koştuğu yolundaki yoğun dedikoduların İstanbul’da yayılması idi. Nitekim yaptığı tayinlerle ilgili Abdülhalim Şah tuğralı fermanları bizzat padişaha gösterilmişti (Selânikî, II, 834). Ayrıca Karayazıcı’nın rüyasında gördüğü Hz. Peygamber’in kendisine “adl ü dâd ile devlet verildiğini” söylediği rivayetleri kulaktan kulağa yayılmıştı. Padişah, halkı yatıştırmak ve söylentilerin asılsızlığını ispatlamak için harekete geçilmesini emrediyor, yakalanan âsilerin İstanbul’da halk önünde idamlarını bizzat kendisi de izliyordu. İdam edilenler arasında Karayazıcı’nın sözde vezîriâzam tayin ettiği Hüseyin Paşa da vardı (22 Receb 1008 / 7 Şubat 1600). Tam bu sırada yeni bir kriz patlak verdi. Eminönü’nde inşa edilecek olan Yenicami’nin arsasındaki kilise ve havranın yıkılmasına karşılık yenilerinin başka bir yerde yapılmasına izin verildiği haberinin duyulması ulemâ ve asker arasında sert tepkilere yol açtı. Cepheden gelen kötü haberler, Celâlî isyanları yüzünden yaşanan karışıklıklar, bozuk ekonomik şartlar sebebiyle iyice hassaslaşan kesimler, olayı bahane ederek Safiye Sultan’ın en yakın hizmetkârı olan yahudi asıllı Kira Kadın’ı (Esparanzo Malchi) hedef aldılar. Bu olayda, vâlide sultana karşı özellikle onun baskısından iyice bunalmış olan damatlarının parmağı olduğu ileri sürülür. Lello, Halil Paşa’nın rolünü ön plana çıkarır. Askerler, Kira Kadın’ın işlettiği gümrük iltizamından devlete teslim ettiği ve buradan sipahilere dağıtılan paraların kalp olduğunu ileri sürerek harekete geçtiler. Yine Lello, bunların topluca saraya gidip padişahtan yahudi kadının başını istediklerini ve annesini devlet işlerinden uzak tutmasını dilediklerini yazar (The Report of Lello, s. 47-49). Ancak saraydan kaçırılan Kira, Halil Paşa’nın adamlarınca yakalandı ve askere teslim edildi (17 Ramazan 1008 / 1 Nisan 1600). Selânikî, padişahın bu olay ve kilise konusu dolayısıyla şeyhülislâmı huzuruna çağırtarak bu gibi uygunsuz davranışlara yol açılmasını tasvip etmediğini belirttiğini, ayrıca vâlide sultanın da Halil Paşa’yı suçladığını, damatlarından yakındığını, padişahın ise onların bu konularda herhangi bir suçlarının olmadığını söylediğini ifade eder (Târih, II, 857, 862).
Habsburglar’a karşı İbrâhim Paşa’nın başarılı harekât haberleri İstanbul’a ulaşmaya başladı. Kanije önlerinde kazanılan savaş ve kalenin teslim alınması (13 Rebîülâhir 1009 / 22 Ekim 1600) sevinçle karşılandı. Kış mevsimini geçirmek üzere Belgrad’a giden İbrâhim Paşa’nın yeni sefer hazırlıklarıyla meşgulken vefatı üzerine (9 Muharrem 1010 / 10 Temmuz 1601) yerine Yemişçi Hasan Paşa getirildi. İbrâhim Paşa’dan dul kalan Ayşe Sultan ile nişanlanan Yemişçi hemen cepheye sevkedildi. Fakat bu gidişi öncesinde padişahla yaptığı yazışmalardan anlaşıldığına göre sefere çıkmamak için türlü bahaneler ileri sürmüştü. Özellikle hazinenin para sıkıntısını dile getirdi, masrafları karşılayacak gelirlerin Celâlî fesadının da etkisiyle toplanamadığını, askerin maaşlarını ödemekte büyük zorluklar çektiğini belirtti, zaman zaman padişahtan iç hazineden para aktarması ricasında bulundu. III. Mehmed ise iç hazinenin çeşitli amaçlarla sık sık kullanılmasından oldukça rahatsızdı; iç hazineden alınan borçların bir an evvel yerine konmasını, devlet hazinesinin iyi idare edilmesini istedi. Yemişçi Hasan Paşa, bu arada Habsburglar’la devam eden savaşın sona erdirilmesi için Fransızlar’ın devreye girdiğini padişaha bildirdi, padişah da bunu olumlu karşıladı. Yazışmalar III. Mehmed’in Avrupa ahvaliyle ilgilendiğini gösterir. Daha önce annesi aracılığıyla İngiliz politikalarına meyletmiş, I. Elizabeth ile irtibat kurmuştu. O sırada Fransa ile de iyi ilişkiler sürüyordu. Bunda, İngiliz elçisi Edward Barton ve ardından Henry Lello ile Fransız elçisi Francois Savary de Brèves önemli rol oynamışlardı. Padişah aracılık rolü üstlenen Fransa’yı “eski bir dost” olarak anmıştı. Erdel meselesine dair raporları da okumuş, barış teklifleri arasında yer alan Erdel’in Habsburglar’a terkine şiddetle karşı çıkmış, buradaki eski statünün sürmesini arzuladığını bildirmişti. Padişahın ölen İngiliz kraliçesinin yerine kimin geçtiğini, Fransa ile İngiltere’nin durumunu sorduğu, İspanyollar’ın faaliyeti ve Hollanda’ya karşı olan savaş konularında bilgilendirildiği anlaşılmaktadır. Yine giderek tırmanma eğilimi gösteren doğu problemleri ve sınır olayları hakkında bilgi almıştı.
Macaristan’a hareket eden Yemişçi Hasan Paşa, Belgrad’a vardığında Anadolu’da Karayazıcı’nın kuvvetlerinin bozguna uğratıldığı haberleri İstanbul’a ulaştı (Safer 1010 / Ağustos 1601). Kanije’yi kuşatan Habsburg ordusu ise başarısızlığa uğratıldı (22 Cemâziyelevvel 1010 / 18 Kasım 1601). İstolni Belgrad’a yeniden hâkim olundu (Ağustos 1602), Peşte’yi alıp Budin’i kuşatan Habsburg ordusu geri çekilmek zorunda kaldı (18 Ekim 1602). Karayazıcı’nın Canik dağlarında ölümünün ardından onun yerini alan kardeşi Deli Hasan, Celâlî serdarı tayin edilen Sokulluzâde Hasan Paşa’yı Tokat Kalesi’nde kuşatıp onu kale kapısı önünde öldürttü (27 Şevval 1010 / 20 Nisan 1602). Deli Hasan’ın faaliyeti onun af dileyip Bosna beylerbeyiliğine gönderilmesiyle sona erdi (Şevval 1011 / Mart 1603).
Bu hadiseler cereyan ederken İstanbul’da padişahı da içine alan karışıklıklar vuku buldu. Olayın başlangıcı, Yemişçi Hasan Paşa’nın Şeyhülislâm Sun‘ullah Efendi ile çekişmeye girerek ulemâ tayinlerine karışması, birçok kimsenin yerini değiştirmesi ve büyük ilmiye makamlarına yeni tayinler yapmasına bağlanır. Aslında o vakte kadar görülmemiş ölçüde içeride ve dışarıda yaşanan sıkıntılar, bitmek bilmeyen savaşlar, Anadolu’nun yangın yeri haline gelişi genel bir rahatsızlığa yol açmış, tepkiler çeşitli iktidar odaklarının kendi şahsî çıkarları için iyi bir zemin oluşturmuş, tahrik edilen askerler aralarındaki hesaplaşmaları da ortaya çıkararak yeni karışıklıklara sebep olmuşlardı. Özellikle sipahilerle yeniçeriler arasında daha eskiye giden husumet çeşitli tahriklerle iyice su yüzüne çıktı. Sipahilerin önde gelenleri kaymakam Saatçi Hasan Paşa’ya karşı tepkiliydi. Vaktiyle vezîriâzamın sefere çıkmama isteğine şiddetle muhalefet ettiği için azledilen Şeyhülislâm Sun‘ullah Efendi de sipahilerin hareketini destekliyordu. Nitekim bu grupların hareketlenmesi üzerine padişah önce Saatçi Hasan Paşa’yı görevden aldı, ardından Hocazâde Mehmed Efendi’nin yerine yeniden Sun‘ullah Efendi’yi şeyhülislâm yaptı (22 Receb 1011 / 5 Ocak 1603). Sipahi zorbaları bununla yetinmediler, saraya giderek padişahı ayak divanına davet ettiler. III. Mehmed fazla tereddüt etmeden bu isteği kabul etti. Bunun sebebi tehdit altında olmaktan çok, muhtemelen annesinin tesiri altında olmadığını göstermek ve bizzat olaya müdahale ederek önlemek ümidine kapılması idi. Hüseyin Halîfe, Poyraz Osman ve Kâtib Cezmi (dönemin kaynaklarında Cüz’i), ayak divanında vezirler aracılığıyla değil doğrudan padişaha hitap ederek devletin durumu hakkında şikâyette bulundular, bazı devlet adamlarının durumundan bahsettiler. Lello’ya göre ise vâlide sultanın devlet işlerinden elini çekmesini ve uzaklaştırılmasını talep ettiler. Padişah onlara annesinin ve paşaların kusuru olmadığını, bütün kabahatin olaylardan kendisini haberdar etmeyen Saatçi Hasan Paşa’ya ait bulunduğunu söyledi. Bunun üzerine Saatçi Hasan Paşa huzura getirildi. Vâlide sultanın ve kapı ağasının mektuplarını gösteren Hasan Paşa kendini kurtardı. Padişah ise şaşırdı ve bir şey diyemedi. Ardından bundan böyle devlet işlerine sadrazamdan başka kimseyi karıştırmayacağını vaad etti; fakat askerler yatışmadı, annesinin uzaklaştırılmasını ve diğerlerinin kendilerine teslim edilmesini istediler; eğer bu yapılmazsa onu tahttan indirip yerine oğlunu getireceklerini söylediler. Korkuya kapılan III. Mehmed, Kapıağası Gazanfer Ağa ile Dârüssaâde Ağası Osman Ağa’yı huzuruna getirtip büyük bir üzüntüyle boyunlarını vurdurdu ve askere teslim etti; annesinin sürgüne yollanmasını ise önledi (The Report of Lello, s. 55).
23 Receb 1011’de (6 Ocak 1603) vuku bulan bu olayda asıl hedef olan Yemişçi Hasan Paşa ile ilgili bir karar alınmamıştı. Durumdan haberdar olan ve hemen İstanbul’a gelen Yemişçi Hasan Paşa nişanlısı Ayşe Sultan’ın sarayına inmiş, onun gelişi duyulunca Sun‘ullah Efendi idamı için fetva vermiş, haberi alan III. Mehmed ise idama karşı çıkarak vezirlerle kendi arasına hiç kimsenin giremeyeceğini söylemiş, bunun üzerine sipahiler Atmeydanı’na Ayşe Sultan sarayına gitmişler, ancak içeri giremeyince dağılmışlardı. Sipahilerin rakibi olan yeniçerilere dayanmak üzere Ağakapısı’na sığınan Yemişçi Hasan Paşa, padişaha yolladığı arîzada olayların baş müsebbibi olan Sun‘ullah Efendi’nin hilâfet makamına göz diktiğini, sipahileri de bu maksatla ayaklandırdığını bildirdi (Hasanbeyzâde Ahmed, II, 244, 256). Onun ya ortadan kaldırılmasını ya da sürgün edilmesini istedi. Sadâret kaymakamı olan Güzelce Mahmud Paşa’nın da isyandaki rolü dolayısıyla idamını talep etti. Lello, Güzelce Mahmud Paşa’nın hem Yemişçi’nin makamına hem de henüz nişanlı bulunduğu Ayşe Sultan’a sahip olmak için onun aleyhine davrandığını yazar (The Report of Lello, s. 52-53). Sonunda yeniçerilerin desteğini alan Yemişçi Hasan Paşa isteklerini padişaha kabul ettirdi, en büyük rakibi olan Sun‘ullah Efendi görevden alındı. Sipahi zorba başıları teker teker yakalanıp idam edildi. Bunlardan daha önce padişaha ağır sözler söyleyen Hüseyin Halîfe III. Mehmed’in huzuruna getirilip orada boynu vuruldu. Böylece isyanı bastıran Yemişçi Hasan Paşa artık rakipsizdi ve padişah nezdinde itibarı artmıştı. Buna güvenerek rakip olabilecek durumdakileri uzaklaştırmaya, bir bölümünü de öldürtmeye başlaması huzursuzluğa yol açtı. Ardından vâlide sultanı devreden çıkarmaya ve padişahı bütünüyle kendisine bağlamaya çalıştı. Lello, Yemişçi Hasan Paşa’nın Safiye Sultan’ı padişaha şikâyet ettiğini, III. Mehmed’in durumu annesine aktardığını, vâlide sultanın da oğluna kendisi tarafından idare edildiğini söylemekle Yemişçi’nin aslında ona hakaret ettiğini, askerleri parayla kendi tarafına çektiğini, bir huzursuzluğa yol açabileceğini anlattığını, böylece Yemişçi’nin sonunun hazırlandığını yazar (a.g.e., s. 60). Sadrazam görevden alınıp (27 Rebîülâhir 1012 / 4 Ekim 1603) on iki gün sonra idam edildi ve yerine Mısır’da bulunan Malkoç Ali Paşa getirildi.
İstanbul’da bu olaylar cereyan ederken sarayda III. Mehmed, tahtına göz koyduğunu ve kendisini tahttan indireceğini düşündüğü büyük oğlu Mahmud’u öldürtmüştü. İç isyanla kendisini tehdit altında hisseden, hatta sefere çıkma isteğini halk arasında yayan, ancak bunun için sağlığının elverişli olmadığını anlayan III. Mehmed, askerin oğlu Mahmud’u desteklediğini bilerek ondan şüphelenmekteydi. Vâlide sultan ise oğlu lehine birtakım girişimlerde bulunan şehzadenin annesini hiç sevmiyordu ve onu dikkatle takip ettiriyordu. Sonunda Lello’nun anlattığına göre şehzade iki gün falakaya yatırılıp konuşturulmak istendi, ancak annesinin faaliyetlerinden haberi olmadığı için hiçbir şey söylemedi. Annesi ise durumu izah ederek oğlunun ileride tahta geçip geçmeyeceğini merak ettiği için bir şeyhe fal baktırdığını, şeyhin kendisine gönderdiği kâğıtta sadece oğlunun tahta geçeceği bilgisinin bulunduğunu, bunun padişahın ölümüyle mi yoksa tahttan indirilmesiyle mi gerçekleşeceğiyle ilgili bir ifadenin yer almadığını belirttiyse de sonuç değişmedi. Şehzade Mahmud boğularak öldürüldü, annesi ve otuz kadar hizmetçisi denize atıldı (27 Zilhicce 1011 / 7 Haziran 1603).
III. Mehmed’in bu olaydan nasıl etkilendiği tam olarak bilinmemektedir. Ancak doğu cephesinden gelen kötü haberlerle (Tebriz’in düşüşü: 15 Cemâziyelevvel 1012 / 21 Ekim 1603, Nahcıvan’ın tahliyesi: 15 Ekim ve Erivan / Revan’ın muhasarası: 15 Kasım) sarsılan padişahın rahatsızlığının giderek arttığı ve melankolik mizacı yüzünden iyice içine kapandığı anlaşılmaktadır. 21 Cemâziyelevvel 1012’de (27 Ekim 1603) saraya giderken bir derviş kendisine elli altı gün sonra büyük bir olay olacağını, gafil bulunmaması gerektiğini söylemiş, ardından 14 Receb’de (18 Aralık) hastalığı iyice artmış ve 16 Receb’de (20 Aralık) vefat etmiştir. Mehmed b. Mehmed er-Rûmî onun şişmanlıktan kaynaklanan mide rahatsızlığından mustarip olduğunu belirtir. Bazı kaynaklarda da kalp krizi sonucu öldüğü kaydedilir. Türbesi Ayasofya Camii hazîresindedir.
Devrin kaynaklarında saf, kolayca inanmaya mütemayil, sakin tabiatlı, son derece dindar bir padişah olarak anılan III. Mehmed’in çok çabuk üzülen ve kötü olaylar karşısında metanetini koruyamayan bir yapısı olduğu anlaşılmaktadır. Kendisini gören bazı yabancı gözlemciler onu kısa boylu, şişman, açık tenli, hantal görünüşlü, kara sakallı olarak tarif eder. Bir Venedik raporunda akıllı, yiğit, ancak şehvet düşkünü, yumuşak ve kadınsı, ürkek tavırlı gösterilmesi tam olarak doğru değildir. Avdan hoşlandığı, ok yapımında usta olduğu, daima kılıç ve yay ile gezdiği belirtilir. Üzerinde annesi Safiye Sultan’ın büyük etkisi vardı. Başlangıçta annesinin ve ekibinin tesirinden kurtulmak ve müstakil olarak idareyi ele almak düşüncesinde olmasına karşılık söz dinleyen, kolay ikna edilebilen, ısrarcı olmayan sakin mizacı yüzünden bunu başarabilecek bir dirayet gösteremedi. Şehzadelik yıllarında edindiği idarî tecrübeyi padişahlığı zamanında tam olarak yansıtamamakla birlikte babası dönemindeki uygulamalardan rahatsızlık duyduğu ve halkla daha çok irtibat kurmayı tercih ettiği anlaşılmaktadır. Muhtemelen, tahta geçtikten hemen sonra on dokuz kardeşinin katli olayının ağırlığını bütün saltanatı boyunca üzerinden atamamıştır. Ömrünün sonlarında büyük oğlunun da aynı âkıbete uğraması onun daha da içine kapanmasına yol açmıştır. Atalarının geleneğini sürdürerek gazâ için sefere çıkması mecbur bırakılmaktan çok kendi isteğinin bir sonucudur. Hıristiyanlara karşı genellikle hoşgörülü olduğu, bazı esir alınmış yabancı misyon mensuplarını serbest bıraktırdığı belirtilir. Avrupa’daki gelişmeleri kendisine sunulan raporlar yardımıyla takip etmeye çalıştığı, İngiltere ve Fransa ile diplomatik münasebetlere önem verdiği anlaşılmaktadır. İngiliz Kraliçesi I. Elizabeth’in gönderdiği, üzerinde çalar saat olan büyük bir orgu sarayda kurdurarak hayranlıkla dinlediği bilinmektedir (Mayers, s. 214-223). Safiye Sultan ve ekibi onun sekiz yıllık saltanatı dönemine damgasını vurmuş, batıda önceki mücadelelere benzemeyen yoğun ve uzun savaş ortamı, bundan da önemlisi içeride Anadolu’yu derinden sarsan Celâlî hareketleri ve saltanatının sonlarında doğu cephesinde uğranılan kayıplar, son derece bozuk ekonomik durum, genel bir hoşnutsuzluğun ortaya çıkışına ve hakkında menfi kanaatlerin oluşmasına zemin hazırlamıştır. Entelektüel bir kimliği olduğu, kendisine sunulan edebî eserleri ilgiyle karşıladığı, iyi şiir yazdığı ve Adlî mahlasını kullandığı bilinmektedir. Hasan Kâfî Akhisârî, devletin içinde bulunduğu durum hakkında yazdığı risâlesini İbrâhim Paşa vasıtasıyla ona sunmuş ve padişahın takdirini kazanmıştır. Ayrıca Tâlikîzâde Fetihnâme-i Eğri’yi onun adına kaleme almıştır. Selânikî, Âlî Mustafa, Hoca Sâdeddin Efendi gibi tarihçiler yanında Nev‘î ve şair Bâkî de onun saltanatı zamanının önde gelen simalarıdır. Oğullarının her birinin başka hanımlardan olduğu belirtilmektedir. Adı bilinen şehzadelerinden üçü Manisa’da doğmuştur. Beş oğlundan ikisi (Selim ve Cihangir) küçük yaşta ölmüştür. İdam ettirdiği Mahmud’un dışında diğer iki oğlu Ahmed ve Mustafa daha sonra tahta çıkmışlardır. Kayda değer önemli bir hayratı yoktur. Medine’de yüksek pâyeli bir medresenin onun tarafından yaptırıldığı belirtilir (Atâî, s. 444, 509).
