1830'da Yunanistan bağımsızlığını kazandıktan sonra, Ege adalarının bir kısmı (Batı Ege Adaları: Eğriboz, Kuzey Sporatlar, Kiklad Takımadaları) bu ülkeye bırakılmıştır. 1912-13 yıllarında meydana gelen Balkan Savaşı'nın bir sonucu olarak, Doğu Ege Adaları, yani Taşoz, Midilli, Sakız, Psara, Nikarya, Limni, Semadirek, Gökçeada ve diğer küçüklü büyüklü adalar da Yunanistan'ın eline geçmiştir. 1913 Londra Antlaşmasına göre, Girit'in geleceği hakkındaki kararlar Balkan devletlerine, Ege adalarıyla ilgili kararlar ise "Altılar" adı verilen ülkelere (İngiltere, Fransa, Almanya, Rusya, Avusturya-Macaristan, İtalya) bırakılmıştır. Bu ülkeler, Meis dışındaki On iki Adayı İtalya'ya, Bozcaada ve İmroz dışındaki Doğu Ege adalarını da Yunanistan'a bırakmış ve bu adaların askerden arındırılması koşulunu getirmişlerdir. Adalarla ilgili ayrıntılı düzenlemeler 1923 yılında imzalanan Lozan Antlaşması'yla gerçekleştirilmiş, Ege Denizi'nin bir barış ortamı olması sağlanmış, çıkan sonuçtan iki taraf da memnun olmuştur. İkinci Dünya Savaşı'nın ertesinde imzalanan Paris Barış Antlaşması'yla da On iki Ada İtalya'dan alınıp, askerden arındırılmış olması şartıyla, Yunanistan'a verilmiştir.
Bu barış ortamı 1960 yılından itibaren bozulmaya başlamıştır. Bu yıldan itibaren adaları silahlandırmaya başlayan Yunanistan, Türkiye'nin notalarına ve Antlaşmalara uyma çağrılarına karşılık olarak, 1936'da imzalanan ve Türkiye'ye Boğazlar bölgesini güvenlik zaruretiyle silahlandırma yetkisi veren Montreux Boğazlar Sözleşmesi'nin kendine bu hakkı verdiğini öne sürmüştür. Halbuki bu sözleşmede Yunan adalarıyla ilgili bir düzenleme söz konusu olmamıştır.
1974 yılına kadar düşük bir gerginlikte devam eden sorun, bu tarihten itibaren iki ülke arasında daha yüksek bir gerilime sebep olmuş ve iki ülkeyi çeşitli tarihlerde savaşın eşiğine getirmiştir. Yunanistan, adaları açıkça silahlandırmaya başlamış, bu faaliyet 1981'de iktidara gelen PASOK hükümetiyle hız kazanmıştır.
Yunan tarafı, adalardaki silahlanmayı haklı göstermek için çeşitli tezler öne sürmektedir. Eski antlaşmaların artık hükmünün kalmadığını, yeni koşulların yeni sonuçlar getirdiğini savunan Yunanistan'ın öne sürdüğü sözde deliller şöyledir: Yunanistan'a göre, Montreux Boğazlar Sözleşmesi, 1936'da Dışişleri Bakanı olan Rüştü Aras'ın konuyla ilgili mektubu gibi birtakım anlaşmalar ve belgeler; Türk tarafının Ege ordusunu kurması, Gökçeada ve Bozcaada'yı silahlandırması kendisine de bu hakkı vermektedir. Yunanistan, her iki ülkenin de hem BM hem de NATO'ya üye olmalarının yeni koşullar meydana getirdiğini bahane etmektedir. Türk tarafı ise Lozan'da kabul edilen koşulların halen geçerli olduğunu, Yunanistan'ın uluslararası antlaşmaları, iyi komşuluk ilişkilerini ihlal ettiği gerçeğini ortaya koymaktadır.
Ege'de yaşanan ikinci sorun ise, "Kıta Sahanlığı Sorunu"dur. Bu konunun iki farklı boyutu vardır; bir yandan taraflar kıta sahanlığı konusunda diğer yandan da bu uyuşmazlığın hangi yoldan çözüleceği konusunda anlaşamamaktadır. Yunanistan, "kıta sahanlığı sınırlandırması yapılırken adalar, ana karayla bağlantılı olarak değerlendirilmelidir ve ayrıca bu mesafe belirlenirken Türkiye'ye en yakın ada ölçüt alınmalı, eşit uzaklık ilkesi uygulanmalıdır" tezini savunmaktadır. Bu fikirlere sözde destek olarak ise, 1958 Cenevre Kıta Sahanlığı Sözleşmesi'nin 6. maddesini kullanmaktadır. Bu maddeye göre, anlaşmanın olmadığı durumlarda, kıta sahanlığı eşit uzaklığa göre belirlenmektedir.
Türkiye ise, bu sorunun iki ülke arasında yürütülecek görüşmelerle anlaşmaya bağlanmasını savunmaktadır. Türk tarafına göre kıta sahanlığı belirlenmesinde doğal uzantı esastır ve Ege, Anadolu yarımadasının doğal uzantısıdır. Ayrıca kıta sahanlığının belirlenmesinde adalet prensibi gözetilmeli, Ege'nin kendine özgü koşulları olduğu anlaşılmalı, Lozan'da gözetilen Türk-Yunan dengesi Ege'de de gözetilmelidir. Türkiye bu sorunu görüşmelerle çözme yolunu benimserken Yunanistan sorunu uluslararası yargıda çözmek istemektedir.
Bütün bu anlaşmazlıklar, karasularının ve hava sahasının genişliği konusunda düğümlenmektedir. Yunanistan Lozan Antlaşması döneminde karşılıklı olarak 3 mil olan karasuları genişliğini, 1936 yılında tek taraflı olarak 6 mile çıkartmıştır. Türkiye de 1964 yılında 6 mili kabul etmiştir. Bugün en önemli sorun, Yunanistan'ın karasularını 12 mile çıkartmak istemesi ve buna gerekçe olarak uluslararası antlaşma ve sözleşmeleri sözde delil göstermesidir. Türkiye, haklı olarak, Ege Denizi'ni bir Yunan iç denizine çevirecek her türlü karara karşı çıkmaktadır. Çünkü bu durum kabul edilirse, Türkiye, Ege'nin doğal zenginliklerinden faydalanamayacak, açık denizlere çıkışı kısıtlanacak, hava sahası daralacaktır. Bu durumda Ege Denizi; %73'ü Yunanistan'ın, %9'undan azı Türkiye'nin karasuları, %15'e yakını ise açık deniz olarak bölünecektir. Kuşkusuz bu, adil ve makul bir talep değildir.
Hava sahası konusunda da aynı anlaşmazlık hüküm sürmektedir. Yunanistan, kendi hava sahasının 10 mil olduğunu iddia etmekte ve uluslararası sözleşmelere aykırı olarak bu kararı, 1931 tarihli bir Yunan Krallık Kararnamesine bağlamaktadır. Türkiye, Yunanistan'ın hava sahasını, karasuları gibi 6 mil olarak kabul etmektedir. Buna bağlı olarak FIR (Uçuş Bilgi Bölgesi) sorunu ortaya çıkmakta, sivil ve askeri uçakların uçuş güzergahı konusunda sorunlar yaşanmaktadır.29
Yunanistan ve Türkiye, son dönemde pozitif bir görünüm sergileyen ilişkilere paralel olarak Ege sorununun çözümü için yeni adımlar atmış, ortak komisyonlar kurmuştur. Çözüm arayışları devam etmektedir. Bu sorunların çözümünde de, Kıbrıs sorununun çözümü ve Türkiye'nin AB'ye girişi önemli birer anahtar olacaktır.
